Концепция развития ВШЭ на 2004-2010 гг. была одобрена на Конференции научно-педагогических работников и представителей других категорий работников университета 30 марта 2004 года и утверждена приказом Минэкономразвития России от 23 августа 2004 г. № 228.

В качестве основных целей развития на период 2004-2010 гг. были обозначены:

1. Достижение качества исследовательского университета на основной части академических направлений.
2. Укрепление позиций ведущего вуза в области социально-экономических наук.
3. Укрепление позиций университета как ведущего аналитического центра и центра подготовки кадров для государственных органов.
4. Достижение устойчивого экономического состояния в качестве самоуправляемой государственной образовательной организации.
5. Формирование адекватной материально-технической и информационной базы.